Dado que la mayoría de las personas solo están familiarizadas con la música pop rock que hizo famosa a la banda, no se sabe bien que la mayoría de los antecedentes de los miembros eran en realidad música punk o metal. Antes de Fall Out Boy, el bajista Pete Wentz era parte de la banda de metalcore, Arma ángelus, con Tim McIlrath de Rise Against. El baterista Andy Hurley también tocó en una banda de metalcore llamada Racetraitor, y en general los dos estuvieron juntos en otras tres bandas hasta que se formó la banda de pop-punk mucho más exitosa en 2001.
Incluso en los primeros años de la banda, Fall Out Boy era parte de la escena punk rock de Chicago. De hecho, la banda se ha presentado varias veces en el icónico Fireside Bowl, donde otros famosos punk rockers comenzaron sus carreras musicales como Rise Against, Alkaline Trio y Smoking Popes. Mirando hacia atrás en esos primeros conciertos, Pedro Wentz dice: “El Fireside Bowl guarda los recuerdos más cálidos de toda mi vida. Era un santuario y cumplió su propósito a la perfección”.
Los miembros de la banda crecieron escuchando bandas de punk como los Descendants y querían emular a sus ídolos, dice Este Dia. Sin embargo, la banda se dio cuenta rápidamente de que en realidad no pertenecían a la escena de la música hardcore, por lo que Fall Out Boy comenzó a crear su propio sonido y logró un gran éxito. Aún así, el amor por el rock duro nunca abandonaría verdaderamente a algunos miembros, ya que el guitarrista Joe Trohman y Hurley se unirían más tarde al supergrupo de rock, las cosas malditascon miembros de Anthrax, Every Time I Die y Alkaline Trio.