Lo que hará muy difícil repoblar la Tierra con sólo dos personas es que la necesaria endogamia favorecerá la aparición de enfermedades recesivas en la creciente población. Esto se explica por la Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano, que enfatiza que cada persona recibe dos versiones de cada gen de un padre. Los genes pueden ser dominantes o recesivos. En el caso de rasgos recesivos, se deben heredar dos genes recesivos. En una población normal, la mayoría de los genes recesivos son suprimidos por los genes dominantes, pero en una población endogámica, los genes recesivos pasan a primer plano.
La Revista Europea de Salud PúblicaLas investigaciones publicadas muestran que en poblaciones que están estrechamente relacionadas entre sí, se presentan enfermedades. Por ejemplo, algunas poblaciones del norte de África son muy mixtas, lo que resulta en una prevalencia de la enfermedad de células enfermas. Un ejemplo dramático de cómo la endogamia puede impactar a una población es descrito por National Geographic. Pingelap Atoll, una isla en el Pacífico, está poblada por un pequeño grupo de sobrevivientes de un tifón de 1775 (según la leyenda). Uno de los sobrevivientes, que resultó ser el líder, tenía un gen para el daltonismo extremo llamado acromatopsia completa. Este gen ocurre en la población normal a una tasa de uno en 30 000. Pero en Pingelap, el 10% de la población lo tiene, lo que resulta en un alto grado de daltonismo. Naturalmente, el daltonismo es benigno en comparación con otro tipo de enfermedades recesivas que pueden aparecer en casos de fuerte endogamia.