Podría decirse que el mejor ejemplo de la capacidad de Mon Mothma para forjar alianzas con personas de ideas afines fue cuando se convirtió en miembro del Comité Leal durante los últimos días de la República Galáctica. Esto la vio aliarse con varias otras figuras prominentes que se oponían a la guerra en curso con los separatistas y al creciente poder que se le permitía ejercer a Palpatine.
El grupo incluía a Bail Organa, Onaconda Farr y Padmé Amidala y finalmente condujo a la delegación de 2000 personas, una protesta oficial que se entregó a Palpatine exigiendo que terminara la guerra y devolviera los poderes de emergencia. Sin embargo, sus esfuerzos tuvieron poco efecto en detener las ambiciones de Palpatine, y el líder continuó aumentando su poder hasta que pudo disolver el Senado Galáctico y formar el Imperio Galáctico.
Sin embargo, su estrecha amistad con Organa y Amidala no se perdería. Ella actuó como mentora de Amidala y brindó apoyo continuo a Organa mientras trabajaba en el Senado Imperial para oponerse al Emperador. Mon Mothma continuó encontrando aliados incluso después de la muerte de Amidala y la destrucción de la Orden Jedi.