Uno de los temas principales de la temporada 3 gira en torno a lo que significa ser patriota. Si el amor a la patria es una cualidad indiscutible del patriotismo, algunos parecen pensar que ser patriota también significa apoyar todas las decisiones de la patria y obedecer siempre las órdenes. “Tom Clancy’s Jack Ryan” desafía esa noción, mostrando que seguir órdenes ciegamente, incluso cuando sabes que están equivocadas, no es patriotismo en absoluto. Por el contrario, para servir mejor a su país, a veces es necesario desafiar lo que sabe que está mal, incluso cuando infringe las reglas.
Este dilema es un factor constante en la Temporada 3. Al principio, cuando la CIA busca enterrar la investigación del golpe y sacar a Jack del campo, él se vuelve rebelde y se niega a presentarse, sabiendo que si no continúa con su investigación, podría costarle muchas vidas y conducir a la guerra. Además, el maestro de espías ruso Goncharov rompe el protocolo y se comunica en secreto con el gobierno de los EE. UU., específicamente con Ryan. Revela algunos secretos clasificados para ayudarlos a salvar al gobierno ruso del golpe. Curiosamente, los villanos de la serie, Petr Kovac y Alexei Petrov, usan la misma mentalidad para justificar su golpe, creyendo que están salvando a Rusia al restaurar la Unión Soviética.