Una de las cosas más difíciles que George Lucas y Dave Filoni tendrían que explicar en “The Clone Wars” era cómo los soldados clon podían volverse tan fácilmente contra sus comandantes Jedi. Como se muestra en la serie, en la mayoría de los casos los clones son amigos cercanos y confidentes de los Jedi, se vinculan con ellos a lo largo de las Guerras Clon y hacen que su personalidad cambie drásticamente con la Orden 66 de manera mucho más difícil de creer.
No obstante, a los dos se les ocurrió una idea ingeniosa que proporcionó una explicación viable detrás de la repentina traición de los clones. En la trilogía de la precuela original, la matanza indiferente de los Jedi por parte de los clones es por su propia voluntad. Los clones creen sinceramente en la mentira de Palpatine de que los Jedi están subiendo al poder, eligiendo permanecer leales al Canciller y la República sobre los conspiradores Jedi.
Sin embargo, esto se volvería a configurar más tarde en las últimas temporadas de “The Clone Wars”, con Filoni y Lucas revelando que a casi todos los soldados clon se les implanta un biochip de modificación del comportamiento que controla efectivamente sus pensamientos y emociones. Cuando se activan, esencialmente se convierten en agentes durmientes, con una agresión y hostilidad extremadamente altas hacia sus compañeros Jedi.
Posiblemente uno de los mejores retcons hechos en la serie “The Clone Wars”, toda la idea del biochip fue un golpe maestro de brillantez. Explicó el cambio de actitud de los clones de tropas Jedi leales a máquinas de matar sin sentido, y ayudó a retratarlos bajo una luz nueva y trágica.